La Hermandad de Caballeros de la Santísima Trinidad se organiza a tres niveles: local, nacional e internacional.15
Encomiendas
Cada comunidad o hermandad local es llamada “Encomienda”. La Encomienda es la representación más pequeña de la Hermandad. Puede ser cualquier fraternidad local que se reúna periódicamente en alguna parroquia o misión. Una obra de cualquier otra índole, bajo la custodia de los Caballeros, puede ser llamada igualmente Encomienda. El responsable encargado de presidir la Encomienda se llama Caballero Comendador o Dama Comendadora. El órgano de gobierno de cada encomienda es el Cabildo de Encomienda, y está presidido por el Caballero Comendador. La reunión del Cabildo de Encomienda se llama Junta de gobierno; cuando se reúne toda la Encomienda se llama Junta general.

Prioratos
Las Encomiendas pertenecientes a una misma nación son agrupadas en un Priorato. A causa de la gran extensión de algunos países o el gran número de Encomiendas, puede haber más de un Priorato en un mismo país. El encargado de gobernar el Priorato es llamado Caballero Prior o Dama Priora. Los Prioratos también pueden estar organizados en atención a los grupos lingüísticos. El órgano de gobierno que preside cada priorato se llama Cabildo Prioral y el Caballero Prior está a la cabeza del mismo. Allí donde aún no esté plenamente establecida la Hermandad o donde la gran mayoría de sus miembros no son efectivos, sino agregados, pueden establecerse encomiendas y prioratos “titulares”. Y quienes sean nombrados para regirlos serán llamados igualmente Comendadores titulares y Priores titulares.
Maestrazgo
A nivel internacional, la instancia que preside y regula la vida y actividad de toda la Hermandad es el Cabildo Supremo con el Caballero Maestro (o Maestre) a la cabeza. Solo pueden ser elegidos Maestres aquellos caballeros o damas que hayan sido Priores o lo sean en el momento de su elección. El Cabildo Supremo tiene su sede en la Encomienda de La Habana.
Notas y referencias:
15. Cfr. Estatutos de la Hermandad de Caballeros y Damas de la Santísima Trinidad, Cap. XI: Estructura organizativa y sus distintas instancias de gobierno. art. 120-130.